Nie wskazane jest jej przechowywanie pod wiatami i na składowiskach.
W pomieszczeniach magazynowych niedopuszczalne jest przechowywanie materiałów, które mogą reagować z azotanem amonu lub które są palne, takich jak: środki ochrony roślin, nawozy zawierające chlorki, tlenki metali, sproszkowane metale, kwasy, alkalia, węgiel, drewno, słoma, materiały pędne, oleje i smary.
Unikać przechowywania w jednym budynku azotanu amonu z mocznikiem.
W pomieszczeniach magazynowych z azotanem amonu nie wolno palić papierosów ani używać otwartego ognia, przewody elektryczne powinny być dobrze zabezpieczone. W jednym pomieszczeniu magazynowym nie powinno się przechowywać więcej niż 300 t azotanu amonu.
Azotan amonu należy przechowywać jedynie w oryginalnych, szczelnie zamkniętych opakowaniach na niepalnym podłożu. Palety z workami powinno się ustawiać w jedne warstwie, natomiast małe worki np. 30 kg bez palet można układać w stosy złożone najwyżej z 12 warstw.
Big-bagi o masie 600 kg powinno się ustawiać w rzędach w dwóch warstwach. Podczas składowania należy zachować minimalne odległości tj. 0,2 m od ściany magazynu oraz 1,5 m od źródeł ciepła.